Pada tahun 2003, Pro Evolution Soccer 3 dirilis dan menyertakan pembaruan mesin permainan besar-besaran, memperkenalkan fitur-fitur baru seperti aturan keunggulan dan teknik passing bola panjang yang jauh lebih baik. Game PES sekarang mulai mendapatkan lisensi Eropa yang lebih rendah seperti Eredivisie Belanda, tapi setidaknya ini adalah awal atau terobosan dominasi FIFA oleh Konami.
Pro Evo 3 adalah game PES pertama yang diprogram untuk PC melalui Microsoft dan populer, tetapi kurangnya mode online mengecewakan. Peningkatan lebih lanjut pada perjanjian lisensi terjadi pada beberapa versi PES berikutnya, dengan lebih banyak tim dan pemain resmi yang disertakan, namun tim besar, Premier League, selalu luput dari perhatian Konami – bukan sesuatu yang ingin diserahkan oleh FIFA. Liga Master (mode karir) diperluas dan opsi pengeditan ditingkatkan, membuat kemiripan semakin mendekati kenyataan.
Pada tahun 2005 Pro Evolution Soccer 5 akhirnya menjadikan Pro Evo online, memungkinkan pemain untuk bermain melawan pemain PES lain di mana pun di dunia. Kegembiraan menyelimuti forum online ketika kami akhirnya mendapatkan tim asli Inggris, meski hanya dua – Arsenal dan Chelsea, tapi sekali lagi ini adalah sebuah permulaan.
Pada titik ini dalam sejarah, PES masih dominan atas FIFA, secara umum mendapatkan skor ulasan yang lebih tinggi, meskipun lisensinya kurang lengkap sepanjang permainan. PES berdiri dengan sangat baik melawan mesin FIFA karena pengalaman dua pemain yang luar biasa.
Bermain melawan komputer memang sangat bagus, karena AI komputer masih belum bisa menandingi pengalaman bermain game manusia lain. Rasa acak dan menyenangkan inilah yang membuat Pro Evo tetap berada di puncak tangga lagu dan posisi ini semakin diperkuat di Pro Evolution Soccer 6, yang bagi banyak penggemar PES merupakan saat terbaik bagi Konami.
Pro Evo 6 atau Winning Eleven 10 memiliki sebagian besar elemen terbaik yang bertahan hingga inkarnasi saat ini. Sepak bola yang cepat, lancar, menyerang, mekanisme tekel yang agresif, serta serangkaian trik dan gerakan baru. Untuk mengikuti seragam resmi Jepang yang selalu ada, tim Nasional Inggris kini mengenakan seragam resmi mereka serta negara-negara lain. Versi Xbox bahkan memiliki grafis definisi tinggi generasi berikutnya dan ini akan menjadi versi terakhir sebelum Pro Evo melakukan transisi ke PS3.
Tidak ada Pro Evo 7, angsuran berikutnya akan tiba pada tahun 2007 dan konvensi penamaan berubah menjadi apa yang tersisa sampai hari ini – Pro Evolution Soccer 2008 atau PES 2008. Ini adalah versi pertama yang debut di PS3, namun masih tetap ada di PS2 dan konsol lainnya. Grafik definisi tinggi meningkatkan pengalaman bermain game dan PES mulai menjauh dari FIFA dalam hal kesamaan pemain, meskipun pada saat yang sama rasa puas diri menyebabkan FIFA menutup kesenjangan tersebut dan pada tahun-tahun inilah FIFA untuk pertama kalinya mulai mencapai pencapaian yang lebih tinggi. skor reviewnya, ironisnya justru diibaratkan seperti permainan game PES jaman dulu.
Meski banyak perbaikan, game PES mulai mengalami kesulitan pada versi 2008-2012. Peningkatan dalam grafis, liga master, kompetisi, lisensi, dan permainan online, ditiadakan oleh perubahan yang rumit pada permainan, yang membuat Pro Evo lebih sulit, namun terkadang kurang menyenangkan. Tampaknya game tersebut hampir memiliki mode curang dalam game pemain versus komputer pada tingkat keterampilan yang lebih sulit, karena hampir tidak mungkin untuk memenangkan kembali bola atau mempertahankannya melawan komputer. Penjaga gawang entah kenapa akan menangkis tembakan lemah langsung ke striker yang tidak bertanda agar mudah disadap dan wasit bisa sangat keras, mengeluarkan pemain karena pelanggaran kecil, sedangkan tampaknya pemain yang dikendalikan komputer bisa lolos dari pembunuhan!
Beberapa tahun terakhir telah dilakukan perbaikan 'perbaikan' berulang untuk PES saat mereka mencoba untuk mendapatkan kembali posisi teratas. Shingo Takatsuka yang dikenal sebagai 'Seabass' telah memunculkan banyak kata-kata hangat setiap tahun seiring dengan inovasi Pro Evo dan mendorong batas-batas konsol definisi tinggi dan apa yang dapat ditangani oleh PS3 dan XBOX 360. Permainan online telah meningkat di PS3 karena pada awalnya berjuang untuk mengejar sistem online yang dimiliki XBOX dan sekarang mode edit, ditambah dengan keterampilan dan efisiensi penggemar PES berarti bahwa kurangnya lisensi hampir tidak relevan.
Game PES akan merilis blockbuster terbaru mereka pada bulan Oktober 2012 dan menurut rumor online dan demo yang dapat dimainkan, PES telah kembali. Skor tinjauannya mendekati skor FIFA tahun lalu dan meskipun mesin FIFA sekarang memancarkan polesan tingkat tinggi dan permainan yang luar biasa, jika PES 2013 mendapatkan kembali keajaiban tersebut dari pertengahan tahun sembilan puluhan, maka PES 2013 akan menjadi yang teratas lagi pada musim gugur ini.